Od starcia z Dziećmi Arkham minął rok. Do Gotham niespodziewanie powraca Człowiek Zagadka, który przed laty był największym postrachem miasta. Batman wraz z komisarzem Gordonem starają się ująć złoczyńcę. Do pościgu włącza się również tajna agencja pod wodzą bezwzględnej Amandy Waller. Tymczasem w życiu alter ego Batmana, Bruce'a Wayne'a, ponownie pojawia się John Doe, ekscentryczny jegomość poznany podczas pobytu milionera w szpitalu psychiatrycznym Arkham. Zwraca się on z prośbą do Bruce'a o dotrzymanie obietnicy, którą ten niegdyś złożył Johnowi.