Dodatek do "Half-Life" opowiada tą samą historię co główna gra, ale z innej perspektywy. Gracz wciela się w jednego z członków oddziałów specjalnych, wysłanych do tajnej bazy "Black Mesa" w celu opanowania sytuacji po ataku tajemniczych potworów. Drugim zadaniem komandosów jest likwidacja wszelkich świadków katastrofy, włączając w to Gordona Freemana, postaci kontrolowanej przez gracza w wersji podstawowej.